در مواردی که دندان علی رغم انجام درمان ریشه مناسب همچنان در انتهای ریشه دارای عفونت و التهاب است بایستی مستقیما و از طریق جراحی تحت درمان قرار گیرد. در این حالت دندان کشیده نمی شود بلکه مستقیما عفونت یا کیست از طریق برش جراحی از انتهای ریشه پاکسازی و حذف می گردد.
در مواردی که پست قطور داخل کانال وجود دارد و یا دندانهایی که بدنبال درمان قبلی نیازمند کنترل هستند و هنوز ضایعه انتهای ریشه آن برطرف نشده است و یا پرکردگی قبلی ریشه به ورای ریشه گسترش یافته است؛ ریشه دندان نیازمند جراحی می باشد.